ในการปฏิรูประบบราชการตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2545 ได้ที่การจัดตั้งกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม 
โดยให้มีอำนาจหน้าเกี่ยวกับการสงวน อนุรักษ์ และฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม การจัดการการใช้ประโยชน์อย่างยั่งยืน และราชการอื่นตามที่มีกฎหมายกำหนดเป็นไปตามอำนาจหน้าที่ของกระทรวงฯหรือส่วนราชการที่สังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจากภารกิจที่ได้รับมอบกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมได้กำหนดนโยบายการดำเนินงานไว้อย่างชัดเจนที่จะดำเนินการให้ทรัพยากรธรรมชาติที่หลากหลายของประเทศได้อยู่คู่กับสังคมไทยตลอดไปรวมทั้งประชาชนได้มีการดำรงชีวิตอยู่อย่างมีความสุขภายใต้คุณภาพสิ่งแวดล้อมที่ดี 

          สำนักงานทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมจังหวัดจันทบุรีนั้นเป็นหน่วยงานหนึ่งของกระทรวงฯ ซึ่งขึ้นตรงต่อสำนักงานปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมถูกจัดตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2545 ตามพระราชกฤษฎีกาโอนกิจการบริหารและอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการ ให้เป็นไปตามข้อกำหนดของพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวงทบวง กรม พ.ศ.2545 และกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม พ.ศ.2545 ซึ่งมีบทบาท หน้าที่สำคัญ
ในการบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมบริเวณจังหวัดจันทบุรีภายใต้การบริหารราชการแบบบูรณาการและทำหน้าที่เป็นหน่วยงานแทนกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมใน จังหวัดจันทบุรี